Да, компенсирует, так как об этом прямо указано в законодательстве. Но для этого необходимо соблюсти некоторые чисто бюрократические формальности, о порядке которых Вам должны сообщить в Вашем ФСС.
Но не это в Вашем случае главное, главное то, что Вы, как говорится, первичник:
а. перед собственно протезированием Вам необходимо провести целый комплекс мер по подготовке культей к протезированию.
б. После первичного протезирования, в процессе ходьбы на протезах, культи значительно изменяют свой объём и форму, поэтому Вам понадобятся достаточно частое изменение формы приёмной гильзы (вплоть до одного раза в один-два месяца)
в. При первичном протезировании при парных ампутациях особое, а зачастую и решающее, значение приобретает своевременное и правильное обучение ходьбе на протезах, со своевременной коррекцией  образующихся стереотипов.
Мне кажется, что Вам следует проконсультироваться с "Ирина Юрьевна", так как она:
а. Является не только врачом-ортопедом, но и практикующим протезистом, полностью выполняющим весь комплекс работ по протезированию и реабилитации
б. Имеет опыт протезирования иногородних и, следовательно, может подсказать Вам как правильно оформить бумаги
в. Имеет реальный успешный опыт протезирования и реабилитации после парной ампутации голеней у молодых ребят (её молодые пациенты активно занимаются спортом)
г. В ПРОП-е где она работает есть стационар
ps
а.Инвалидность вы уже оформили?
б. ИПР, в которой должно быть указано, что Вы нуждаетесь в протезировании высокотехнологичными протезами, у Вас уже получена?
в. Бумагу от Вашего местного ПРОП-а, в которой говорится, что они не могут изготовить изготовить Вам протезы согласно Вашим требованиям - Вы уже получили?

Внимательно изучите:
Медико-социальная экспертиза
А так-же: МЕТОДИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ ПО ОБЕСПЕЧЕНИЮ ИНВАЛИДОВ ТЕХНИЧЕСКИМИ СРЕДСТ

В некоторых областных ФСС это тебуется. Позвоните в Ваш ФСС в отдел снабжения ТСР (технические средства реабилитации), т.к. протезирование проходит по их ведомству и задайте вопросы о:
а. Порядке компенсации затрат на собственно протезирование (какие документы требуются)
б. Как производится компенсация средств на проезд, к месту протезирования и обратно, Вам и сопровождающему (Есть-ли возможность оформления бесплатных, для Вас и сопровождающего, проездных документов.
в. Как и в каком размере компенсируются, для Вас и сопровождающего, затраты на проживание (оплата стационара или гостиницы)

а. откройте соотв. тему в "Протезы голени" и задайте ей все интересующие Вас вопросы (вариант предпочтительный, т.к. ответы на Ваши вопросы могут быть полезны и другим посетителям этого форума)
б. Написать ей в личку

Всё, что прописано в ИПР - обязательно к исполнению. А как Это будет оплачиваться - здесь нет общих советов и всё решается исходя из конкретных обстоятельств конкретного человека

А не многовато для протеза голени?:
Хорошая стопа - динамик, Триас, динамическая стопа 2 - 18-25т.р.
Щиколотка "Brio"  (что-б не заморачиваться с обувью (высота каблука) и без проблемно менять уличную обувь на домашние тапочки)          -       40т.р.
Силиконовый лайнер   -------                             16-20т.р
Изготовление приемной гильзы + накладные расходы ( З/П + материалы + компл. по мелочи + налоги + АХР (администативно-хозяйственные расходы) - 50 - 70т.р
  Итого   ---------------                               130-150т.р.  И это - по максимуму
Если заняться "экономией то сумму можно ужать раза в полтора) ...
Вывод: Надо считать, считать и еще раз считать ... С учётом, естественно, Ваших обстоятельств...